Kehittämiskärki

Kuvantamisdata

Biokuvantaminen on bio- ja lääketieteen alojen tärkeimpiä ja laajimmin käytettyjä tutkimusmenetelmiä. Viime vuosina merkittävimmiksi arvioidut kehitysalat kuvantamisessa ovat kuva-analyysi ja datan hallinta, sekä näiden synnyttämät mahdollisuudet a) tuottaa uutta numeerista tietoa kuvista syväoppimiseen perustuen tai b) louhia uutta tietoa olemassa olevasta kuvadatasta.

Turun alueella kuva-analyysiin ja datan hallintaan on panostettu jo pitkään. Esimerkkinä tästä ovat Terveyskampus Turussa kehitetyt kansainvälisesti käytettävät ohjelmistot, joita voidaan käyttää niin biologiseen kuin lääketieteelliseen kuva-analyysiin (mm. Carimas, BioImageXD).

Turku BioImaging Image Data Team (IDAT) tuottaa kuva-analyysi- ja datapalveluita sekä akateemisille että yksityisen sektorin tutkijoille. IDAT tarjoaa mm. konsultointia kuva-analyysiin ja koesuunnitteluun, koulutusta, kustomoituja analyysi- ja prosessointityökaluja, sekä kokonaisvaltaisia analyysipalveluita, joissa tutkija saa valmiit tulokset suoraan käteensä.

IDAT keskittyy erityisesti monimutkaisempiin analyysitehtäviin: kone- ja syväoppimisen sovelluksiin. Yhteistyössä Turun yliopiston Digipalveluiden kanssa IDAT on pystyttänyt kuvadatalle räätälöidyt OMERO-serverit tutkimus- ja opetuskäyttöön.

Turku Bioimaging kokoaa yhteen Terveyskampus Turun alueella toimivat bio- ja lääketieteellisen alan tutkijat, sekä heidän osaamisensa. Turku Bioimaging koordinoi ja osallistuu erilaisiin kansallisiin ja kansainvälisiin aloitteisiin kuva-analyysien kehittämiseen liittyen. Esimerkkeinä näistä ovat Global BioImaging kuva-analyysityöryhmä, sekä Euro-BioImaging kuvadatan asiantuntijaryhmä. Yksittäisistä hankkeista esimerkkinä voidaan mainita EOSC-Life -hanke (Horizon 2020), joka tuo yhteen 13 hajautettua ESFRI-tutkimusinfrastruktuuria Life Sciences -aloilta.

Vuoden 2022 aikana Turku Bioimaging ryhtyy tarjoamaan Proof of Concept-analyysipalveluja (PoC) Euroopan alueella ensimmäisten toimijoiden joukossa.

Suomessa Turku BioImaging johtaa Euro-BioImaging Finland -palveluverkostoa ja sen kuvadatatoimintojen koordinointia mm. yhteistyössä ELIXIR-Suomen ja Tieteen tietotekniikan keskuksen kanssa, sekä koordinoi Biokeskus Suomen Biokuvantamisen infrastruktuurin kuvadatatoimintoja.